海底小纵队是一群活跃在海底的小小探险家，集结了巴克队长（北极熊）、皮医生（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）和章教授（章鱼）7名伙伴

章鱼保罗（蒋可配音）因为欠下巨款而遭到了债主的追杀，无奈之下，它只能带着家人，在海底展开了逃亡，过起了东躲西藏居无定所的生活。一次偶然中，保罗遇见了独眼鲨（谭满堂配音），在独眼鲨的教唆和挑拨之下，保罗

一条知道太多的章鱼，注定活不了太久。一块包藏着世界杯秘密的芯片，必然会决定很多人的生死。　　国际赌球组织派出杀手连晋和田原找寻芯片的下落。连晋锁定了几个目标：中国足球界的几个著名人物：黄健翔，李承鹏，

海岛渔民邵风和朋友一起在海上意外捕获一只形态奇异的小章鱼，从而引来了基因公司老板和另外一股神秘集团的追踪。邵风与科学研究者女友刘子墨也被迫卷入这场风波，一齐遭到了巨型变异章鱼对人类的攻击。为了维护海洋

一群人在船上遇到巨型章鱼……

某地区传说出现了变异的章鱼人，不断有人被其杀死，原因是因为章鱼人想保护它的后代阻止人类拿它们做试验。一群不知道天高地厚的人类来到此地，理所当然地成为了章鱼人的被虐对象。